Zgodnie z rozdziałem V Statutu Towarzystwa na chwilę obecną, dla rozwijania kierunkowych zainteresowań badawczych członków, działają w jego ramach następujące sekcje: 

Sekcja Filozofii Przyrody

Powołana decyzją Walnego Zebrania

Skład sekcji:

Przewodniczący: dr Bogdan Ogrodnik

ks. dr hab. Janusz Mączka SDB

mgr Jacek Jaworski

Sekcja Dialogu Międzyreligijnego

Powołana decyzją Nadzwyczajnego Walnego Zebrania z dnia 27.09.2008

Skład sekcji:

Przewodniczący: dr hab. Mirosław Patalon

dr Bruce MacQueen

dr Bogdan Ogrodnik

mgr Jacek Jaworski 

Sekcja Filologiczna

Powołana decyzją Nadzwyczajnego Walnego Zebrania z dnia 27.09.2008

Skład sekcji:

Przewodniczący: dr Bruce MacQueen

o. dr Kleofas W. Gródek OFM 

dr Łukasz Tofilski

Sekcja Kognitywistyczna

Powołana decyzją Walnego Zebrania z dnia 08.05.2009

Skład sekcji:

Przewodniczący: dr Tomasz Komendziński

dr Bruce MacQueen

dr Piotr Leśniak

Attila Simonfi